COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-14 17:00:00 25.138842 25.138842 27.733337
2021-01-13 17:00:00 22.655330 22.655330 27.917303
2021-01-12 17:00:00 26.568913 26.568913 28.145295
2021-01-11 17:00:00 29.450333 29.450333 28.453528
2021-01-10 17:00:00 29.517471 29.517471 28.813734
2021-01-09 17:00:00 30.079648 30.079648 29.094003
2021-01-08 17:00:00 30.836470 30.836470 29.397095

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-14 17:00:00 21.035333 21.035333 25.498474
2021-01-13 17:00:00 25.343019 25.343019 25.664999
2021-01-12 17:00:00 22.157434 22.157434 25.827603
2021-01-11 17:00:00 30.379747 30.379747 26.036899
2021-01-10 17:00:00 27.900797 27.900797 26.131396
2021-01-09 17:00:00 28.109628 28.109628 26.229560
2021-01-08 17:00:00 25.196850 25.196850 26.990630

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-14 17:00:00 26.706231 26.706231 23.209745
2021-01-13 17:00:00 14.457831 14.457831 23.295862
2021-01-12 17:00:00 27.586207 27.586207 22.881108
2021-01-11 17:00:00 50.967742 50.967742 22.739507
2021-01-10 17:00:00 22.784810 22.784810 22.692959
2021-01-09 17:00:00 18.404118 18.404118 22.731579
2021-01-08 17:00:00 23.467862 23.467862 23.057474

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-14 17:00:00 13.283790 13.283790 13.287045
2021-01-13 17:00:00 9.474389 9.474389 13.481855
2021-01-12 17:00:00 9.928230 9.928230 13.343808
2021-01-11 17:00:00 17.786561 17.786561 13.495085
2021-01-10 17:00:00 14.872727 14.872727 13.504364
2021-01-09 17:00:00 14.218487 14.218487 13.662812
2021-01-08 17:00:00 15.314927 15.314927 13.905857

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-14 17:00:00 14.829246 14.829246 14.686932
2021-01-13 17:00:00 11.367636 11.367636 15.153691
2021-01-12 17:00:00 14.990942 14.990942 15.387264
2021-01-11 17:00:00 16.073678 16.073678 15.691154
2021-01-10 17:00:00 12.259074 12.259074 15.889203
2021-01-09 17:00:00 19.484727 19.484727 16.160475
2021-01-08 17:00:00 20.949542 20.949542 16.423264

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-14 17:00:00 32.070279 32.070279 41.554956
2021-01-13 17:00:00 25.839000 25.839000 40.950497
2021-01-12 17:00:00 43.561873 43.561873 41.379253
2021-01-11 17:00:00 55.327635 55.327635 42.141291
2021-01-10 17:00:00 48.539177 48.539177 42.050723
2021-01-09 17:00:00 40.251855 40.251855 43.142342
2021-01-08 17:00:00 52.953476 52.953476 44.140487

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-14 17:00:00 37.285780 37.285780 38.272038
2021-01-13 17:00:00 38.888889 38.888889 38.503101
2021-01-12 17:00:00 31.545588 31.545588 38.659372
2021-01-11 17:00:00 39.324619 69.934641 37.798828
2021-01-10 17:00:00 38.814994 38.814994 36.600476
2021-01-09 17:00:00 44.911504 28.008850 36.350594
2021-01-08 17:00:00 43.565038 43.565038 36.074866

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-14 17:00:00 26.047045 26.047045 27.968361
2021-01-13 17:00:00 24.784748 24.784748 28.389028
2021-01-12 17:00:00 28.206699 28.206699 28.402142
2021-01-11 17:00:00 25.968109 25.968109 28.696264
2021-01-10 17:00:00 34.021824 34.021824 28.821845
2021-01-09 17:00:00 27.127286 27.127286 29.043892
2021-01-08 17:00:00 33.950747 33.950747 29.080068

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-14 17:00:00 24.408784 24.408784 27.422982
2021-01-13 17:00:00 27.816901 27.816901 27.783434
2021-01-12 17:00:00 18.145957 18.145957 28.182297
2021-01-11 17:00:00 25.167038 25.167038 28.560192
2021-01-10 17:00:00 34.888060 34.888060 28.943552
2021-01-09 17:00:00 37.491091 37.491091 29.555737
2021-01-08 17:00:00 27.932961 27.932961 30.356077

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-14 17:00:00 26.866757 26.866757 28.202380
2021-01-13 17:00:00 23.424457 23.424457 28.850927
2021-01-12 17:00:00 21.285290 21.285290 29.214269
2021-01-11 17:00:00 28.483920 28.483920 29.552525
2021-01-10 17:00:00 33.367378 33.367378 29.986816
2021-01-09 17:00:00 31.087954 31.087954 30.404582
2021-01-08 17:00:00 30.619248 30.619248 30.955723

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-14 17:00:00 11.289603 11.289603 13.193148
2021-01-13 17:00:00 10.462075 10.462075 13.609539
2021-01-12 17:00:00 14.200341 14.200341 13.832244
2021-01-11 17:00:00 28.931364 8.951613 14.073491
2021-01-10 17:00:00 18.467742 18.467742 14.491043
2021-01-09 17:00:00 17.097416 17.097416 14.832398
2021-01-08 17:00:00 14.722005 14.722005 15.364179

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-14 17:00:00 12.692764 12.692764 10.868622
2021-01-13 17:00:00 11.411765 11.411765 10.610863
2021-01-12 17:00:00 8.275862 8.275862 10.295366
2021-01-11 17:00:00 10.080645 10.080645 10.380168
2021-01-10 17:00:00 12.187160 12.187160 10.266864
2021-01-09 17:00:00 6.884058 6.884058 10.191052
2021-01-08 17:00:00 11.343284 11.343284 10.015048

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-14 17:00:00 35.582822 35.582822 40.687868
2021-01-13 17:00:00 40.512048 40.512048 42.177094
2021-01-12 17:00:00 24.384236 24.384236 43.276339
2021-01-11 17:00:00 35.310734 35.310734 42.960237
2021-01-10 17:00:00 55.508475 55.508475 43.531478
2021-01-09 17:00:00 48.780488 48.780488 43.773985
2021-01-08 17:00:00 39.277108 39.277108 43.873837

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-14 17:00:00 66.341463 66.341463 46.492542
2021-01-13 17:00:00 64.575646 64.575646 45.575401
2021-01-12 17:00:00 48.247423 48.247423 45.135139
2021-01-11 17:00:00 44.230769 47.772277 44.999511
2021-01-10 17:00:00 63.419118 33.823529 44.124812
2021-01-09 17:00:00 35.148515 35.148515 43.192018
2021-01-08 17:00:00 49.689441 20.779221 43.436702

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-14 17:00:00 29.179435 29.179435 29.810129
2021-01-13 17:00:00 29.374090 29.374090 30.175305
2021-01-12 17:00:00 29.993342 29.993342 30.772116
2021-01-11 17:00:00 32.239280 32.239280 31.114016
2021-01-10 17:00:00 33.896159 33.896159 31.694216
2021-01-09 17:00:00 41.483888 23.206066 32.241650
2021-01-08 17:00:00 26.970954 26.970954 32.933029

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-14 17:00:00 36.776062 36.776062 31.172297
2021-01-13 17:00:00 25.548996 25.548996 31.870896
2021-01-12 17:00:00 29.305136 29.305136 31.456734
2021-01-11 17:00:00 22.454874 22.454874 31.255509
2021-01-10 17:00:00 52.938497 52.938497 31.436438
2021-01-09 17:00:00 34.723187 34.723187 31.091263
2021-01-08 17:00:00 27.181140 27.181140 32.071963

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-14 17:00:00 10.895404 10.895404 12.378942
2021-01-13 17:00:00 8.927203 8.927203 12.519438
2021-01-12 17:00:00 30.763473 16.958944 12.436408
2021-01-11 17:00:00 12.157895 12.157895 12.443814
2021-01-10 17:00:00 13.473590 13.473590 12.545387
2021-01-09 17:00:00 11.418944 11.418944 12.652559
2021-01-08 17:00:00 10.066280 10.066280 12.702886

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-14 17:00:00 28.981683 28.981683 29.371951
2021-01-13 17:00:00 31.130435 31.130435 29.330747
2021-01-12 17:00:00 29.681924 29.681924 29.078489
2021-01-11 17:00:00 30.726041 25.230525 28.995568
2021-01-10 17:00:00 33.604809 33.604809 28.879606
2021-01-09 17:00:00 28.933291 28.933291 28.681010
2021-01-08 17:00:00 28.998741 28.998741 28.437811

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-14 17:00:00 11.468758 11.468758 13.965064
2021-01-13 17:00:00 13.643703 13.643703 13.828608
2021-01-12 17:00:00 11.503417 11.503417 13.899810
2021-01-11 17:00:00 18.398058 18.398058 14.115919
2021-01-10 17:00:00 11.459092 11.459092 14.185036
2021-01-09 17:00:00 14.909808 14.909808 14.577098
2021-01-08 17:00:00 16.436364 16.436364 14.866500

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-14 17:00:00 18.935978 18.935978 18.177677
2021-01-13 17:00:00 24.898621 24.898621 18.518362
2021-01-12 17:00:00 15.495087 15.495087 18.616211
2021-01-11 17:00:00 26.486486 4.375000 18.086904
2021-01-10 17:00:00 33.771353 33.771353 18.180417
2021-01-09 17:00:00 23.505976 23.505976 17.636784
2021-01-08 17:00:00 17.842324 17.842324 17.657030

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-14 17:00:00 16.666667 16.666667 22.603548
2021-01-13 17:00:00 19.387755 19.387755 22.109269
2021-01-12 17:00:00 8.092486 14.432990 22.082208
2021-01-11 17:00:00 29.347826 29.347826 22.337628
2021-01-10 17:00:00 35.185185 35.185185 22.856395
2021-01-09 17:00:00 19.298246 19.298246 22.963005
2021-01-08 17:00:00 28.089888 28.089888 22.507236

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-14 17:00:00 47.955648 47.955648 57.297467
2021-01-13 17:00:00 50.280224 50.280224 58.846000
2021-01-12 17:00:00 52.926587 52.926587 60.341416
2021-01-11 17:00:00 61.602011 61.602011 63.400754
2021-01-10 17:00:00 56.727749 56.727749 65.396747
2021-01-09 17:00:00 59.753277 59.753277 67.485434
2021-01-08 17:00:00 72.346786 72.346786 69.398686

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 21.035333 21.035333 25.498474
Basilicata 26.706231 26.706231 23.209745
Calabria 13.283790 13.283790 13.287045
Campania 14.829246 14.829246 14.686932
Emilia-Romagna 32.070279 32.070279 41.554956
Friuli Venezia Giulia 37.285780 37.285780 38.272038
Lazio 26.047045 26.047045 27.968361
Liguria 24.408784 24.408784 27.422982
Lombardia 26.866757 26.866757 28.202380
Marche 11.289603 11.289603 13.193148
Molise 12.692764 12.692764 10.868622
P.A. Bolzano 35.582822 35.582822 40.687868
P.A. Trento 66.341463 66.341463 46.492542
Piemonte 29.179435 29.179435 29.810129
Puglia 36.776062 36.776062 31.172297
Sardegna 10.895404 10.895404 12.378942
Sicilia 28.981683 28.981683 29.371951
Toscana 11.468758 11.468758 13.965064
Umbria 18.935978 18.935978 18.177677
Valle d'Aosta 16.666667 16.666667 22.603548
Veneto 47.955648 47.955648 57.297467

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

Exported from Italia/Percent_Positive.ipynb committed by maxdevblock on Thu Jan 14 17:31:41 2021 revision 158, a859424